El tener un dominio cifrado y utilizar el protocolo https es ya una característica que te ayuda al posicionamiento o SEO, para hacerlo necesitas un certificado SSL y aquí puedes ver como configurar certificado SSL en Apache 2 con Ubuntu Server 18.04, pero que puedes utilizar en otras distros.

Como configurar un certificado SSL en Apache 2 en Ubuntu

Lo primero que tienes que hecer es adquirir tu certificado con algún proveedor como GoDaddy o Let’s Encrypt. Una vez que cuentas con el, lo que tienes que hacer es descargar el certificado y cargarlo en tu servidor.

Suponiendo que tienes ya listos los 3 archivos necesarios: el archivo del certificado .cfg, el archivo de la llave de cifrado key.txt y el archivo del conjunto de certificados intermedios o bundle file con extención .cfg, debes cargarlo a tu servidor.

En el caso de Ubuntu Server puedes cargar los archivos a la carpeta del usuario sudoer y luego moverlo a directorio /etc/ssl. Asumiendo que los archivos estén en directorio Descargas puedes ver estos comandos de ejemplo y adecuarlos a tus archivos y a tu servidor.

cd ~/Descarga
scp bf56aacb4a5b7f9b.crt usuario@midominio.com:/home/usuario
scp gd_bundle-g2-g1.crt usuario@midominio.com:/home/usuario
scp key.txt usuario@midominio.com:/home/usuario

Una ves que están en tu servidor, debes moverlos al directoio /etc/ssl

sudo mv *.crt /etc/ssl
sudo mv key.txt /etc/ssl

Una vez que se encuentran en la ruta adecuada tienes que modificar el archivo de configuración del dominio acd l que se va a asignar el certificado

sudo nano /etc/apache2/sites-enabled/midominio.conf

En este archivo se debe tener previamente configurado la sección para el subdominio o dominio virtual para escuchar por el puerto 443 y agregar el siguiente código:

SSLEngine on
SSLCipherSuite ALL:!ADH:!EXPORT56:RC4+RSA:+HIGH:+MEDIUM:+LOW:+SSLv2:+EXP:+eNULL

SSLCertificateFile /etc/ssl/bf56aacb4a5b7f9b.crt  
SSLCertificateKeyFile /etc/ssl/key.txt
SSLCertificateChainFile /etc/ssl/gd_bundle-g2-g1.crt

Para que quede algo parecido a esto:

<VirtualHost *:443>
    ServerName midominio.com
    ServerAdmin webmaster@localhost
    DocumentRoot /var/www/ruta_del_dominio

    SSLEngine on
    SSLCipherSuite ALL:!ADH:!EXPORT56:RC4+RSA:+HIGH:+MEDIUM:+LOW:+SSLv2:+EXP:+eNULL

    SSLCertificateFile /etc/ssl/bf56aacb4a5b7f9b.crt  
    SSLCertificateKeyFile /etc/ssl/key.txt
    SSLCertificateChainFile /etc/ssl/gd_bundle-g2-g1.crt

    <Directory /var/www/ruta_del_dominio>
        Options -Indexes +FollowSymLinks
        AllowOverride All
    </Directory>

        LogLevel warn

        ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/midominio.com.error.log
        CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/midominio.com.access.log combined

    <FilesMatch \.php$>
        # Apache 2.4.10+ can proxy to unix socket
        SetHandler "proxy:unix:/var/run/php/php7.2-fpm.sock|fcgi://localhost/"
    </FilesMatch>

</VirtualHost>

Una vez que se ha agregado el código se debe reiniciar el servicio apache2

sudo systemctl restart apache2.service 

Una vez reiniciado, debe eliminar el cache de tu navegador y probar tu dominio con el protocolo https y se debe mostrar como seguro en el navegador. Este es un ejemplo de un dominio con el servicio https configurado.